Mit der demokratischen Verfassung von 1831 wurde im Kanton Zürich auch die Volksschule und ihr obligatorischer Besuch eingeführt. Die Pflicht, die Volksschule einzurichten lag bei den Gemeinden. Damit mussten sie Schulhäuser bauen und am kantonalen Seminar ausgebildete Lehrer anstellen. Für diese Aufgaben wurden Schulgemeinden und Schulpflegen geschaffen. Vor dieser Zeit unterrichtete der Sigrist die Kinder in seiner Stube. Eine Ausbildung besass er keine und daneben war er noch Kleinbauer. Die Aufsicht über das „Unterrichtswesen“ lag beim Pfarrer. Damit war nun Schluss. Die Wohn- und Schulstube des Sigristen hatte ausgedient und die Gemeinde hatte jetzt ein Schulhaus zu erstellen. 1832 war das Bauernhaus von Hans und Heinrich Benz niedergebrannt. An dieser Stelle errichteten die Pfungener zwei Jahre später ihr erstes Schulhaus, einstöckig mit einem Klassenzimmer und Lehrerwohnung im ersten Stock und eine Wohnung im Erdgeschoss. Da dieses Raumangebot für den Unterricht bald nicht mehr genügte, wurde dem ersten Geschoss ein zweites aufgesetzt und im Erdgeschoss wohnte der zweite Lehrer. Eine Sekundarschule gab es nicht. Wer eine solche besuchen wollte, musste anfangs nach Neftenbach und zeitweise nach Wülflingen. Täglicher Unterricht fand von der ersten bis sechsten Klasse statt, danach als siebtes und achtes Schuljahr die Repetierschule, die wöchentlich zweimal je einen halben Tag zu besuchen war. In der übrigen Zeit hatten die Mädchen und Knaben einer Arbeit nachzugehen. Das erste Pfungener Schulhaus trägt die Adresse Dorfstrasse 40 und ist zum Wohnhaus mit mehreren Wohnungen umgestaltet worden. Vor der letzten Jahrhundertwende reichte auch das aufgestockte Schulhaus nicht mehr, da Pfungen seit 1892 auch eine Sekundarschule führte. Die Gemeinde erstellte deshalb 1893 am Fusse des Zehnderrains ihr zweites Schulhaus. Es folgte 1951 das Schulhaus Breiteacker und 1970 das Schulhaus Seebel. 2015 konnte der vergrösserte Ersatzbau des Schulhauses Breiteacker eingeweiht werden und in den Jahren 2023 und 2025 folgten modulare Ergänzungen zu den Schulhäusern Breiteacker und Seebel.