Reformierte Kirche
Die Pfungener Kirche ist erstmals im Jahr 1275 dokumentiert im Steuerverzeichnis des Bistums Konstanz. Aufgrund von archäologischen Befunden bei der Kirchenrenovation 1964 muss man davon ausgehen, dass an gleicher Stelle schon früher Gotteshäuser standen. Fundamentreste einer karolingischen Kapelle, Fundamentreste einer romanischen Kapelle oder Kirche, Reststücke einer gotischen Kirche aus dem 14. Jahrhundert mit Sakristeianbau. 1649 bauen die Pfungener mit Beistand der Städte Winterthur und Zürich die jetzige Kirche. Vom ältesten Geläute weiss man nur, dass es aus 3 Glocken bestand. Zeitangaben liegen keine vor. 1860 und 1947 wurden neue Geläute eingebaut mit den Stimmungen f-g-a-c. Für den Kirchengesang amtete bis 1891 ein Vorsänger. Danach wurde ein Harmonium angeschafft, 1941 eine 1. Orgel im Chor der Kirche. Deswegen mauerte man das Ostfenster zu. 1964 wurde die zweite Orgel angeschafft und auf der Empore platziert. Sie versieht bis heute ihren Dienst. Das Chorfenster wurde 1964 wieder freigelegt. Ebenfalls 1964 wurden die Kirchenfenster neugestaltet.
Bis 1924 befand sich der Friedhof um die Kirche herum.
Katholische Kirche
Im Jahr 1850 zählte man in Pfungen 6 Ausländer und ebenso viele Katholiken. Es waren Menschen aus Süddeutschland und Italien, die ab der Mitte des 19. Jahrhunderts auf der Suche nach Arbeit in Pfungen eintrafen. In den folgenden Jahrzehnten stieg die Zahl der Katholiken stark an, denn die Textilfabrik und die Ziegelei benötigten eine Fülle von Arbeitskräften. Anfänglich betreute die Pfarrei Bülach die Katholiken unserer Gemeinde. Diese wünschten jedoch eine eigene Pfarrei ins Leben zu rufen. Sie gründeten im Jahre 1896 einen Männerverein und dieser besprach sogleich die Schaffung einer Pfarrei und den Bau einer Kirche. Bis zur Fertigstellung der Kirche mit angebautem Pfarrhaus fanden die katholischen Gottesdienste in einem Fabriksaal der Textilfabrik statt. 1899 war es soweit. An Pfingsten läutete die Glocke zum ersten Gottesdienst in der neuen Kirche, und am 25. August 1907 weihte der Churer Bischof das Gotteshaus ein. Anfänglich hiess die Pfarrei St. Josef, doch in den 60er Jahre des letzten Jahrhunderts gab sie sich den Namen St. Pirminus.