Die stattlichsten Häuser in der Zürcher Landschaft sind in der Regel die Pfarrhäuser. Kleinere Gemeinden konnten sich solche Wohnsitze ihrer Pfarrherren nicht leisten. Es war die jeweilige Obrigkeit, die diese Aufgabe übernahm. So auch in Pfungen. Winterthur kaufte 1629 von den Familien Steiner die Herrschaft Pfungen mit allen Rechten und Pflichten und wurde so zur Obrigkeit von Pfungen. Sie besass unter anderem das Recht den Pfarrer zu bestimmen und die Pflicht, ihn zu besolden, als auch die Kirche und das Pfarrhaus zu unterhalten oder im Bedarfsfall neu zu bauen. 1689 wird das Pfarrhaus an Stelle eines baufälligen älteren Pfarrhauses neu gebaut. Nach den politischen Umwälzungen des 19. Jahrhunderts geht das Pfarrhaus in den Besitz des Kantons Zürich über. 1989 entledigt sich der Kanton der Pfarrhäuser und das Pfarrhaus geht in den Besitz der reformierten Kirchgemeinde Pfungen über.