Bereits 1322 wird im Verzeichnis des Besitzes der Freiherren von Wart eine Mühle in Pfungen genannt. Wir wissen nicht, wann die Pfungener Mühle erstellt wurde, über deren Standort besteht indes kein Zweifel. Die Wasserkraft des Mülibaches konnte von allem Anfang am besten an jener Stelle genutzt werden, wo der Bach mehrere Meter in die Tiefe stürzt. Die untere Mühle, also jene nach dem Wasserfall erhielt in späterer Zeit eine Schwester, die obere Mühle, in der eine Reibe installiert war. Beim Molasseabsturz, beim Maiensteg, wurde das Bachwasser mit einem Kännel gefasst und in diesem Holzkanal zur oberen Mühle geleitet, wo das Wasser ein oberschlächtiges Rad antrieb. Die untere Mühle, die auch eine Wirtschaft betreiben durfte, ging 1897 in den Besitz der politischen Gemeinde über. 1910 wurde das Wasserrad abgetragen und die Mühle zum reinen Wohnhaus umgebaut. Die obere Mühle ging ebenfalls 1897 in den Besitz der Gemeinde über. 1902 entfernte man den Wellbaum zur Reibe. Das Wasserrad trieb nun eine Pumpe an, welche das Wasser der Maienstegquelle über eine Leitung ins Netz der Wasserversorgung der Gemeinde presste. 1931 wurde auch das Wasserrad entfernt. 1923 ward in die Mühle eine Wohnung eingebaut und 1908 das Schlachthaus der Gemeinde über den Bach angebaut worden. Obere und untere Mühle gingen 1987 bzw. 1945 in Privatbesitz über.